Mogensen blir på senare år själv lärare vid samma möbelskola som han själv läst vid och under hans karriär ritar han möbler för ett flertal danska och svenska företag. Bland dem återfinns bland annat Karl Andersson & Söner. Tillsammans med Arne Jacobsen och Hans J. Wegner tar Mogensen dansk möbeldesign till en internationell nivå som snabbt får stor respekt världen över.

Förutom att kartlägga terrängen för hemmaförvaring är Mogensen en produktiv möbeldesigner och ställer ut nästan varje år ut på Copenhagen Exhibitions Guild Exhibitions. Han är också chef för möbeldesign under 1940-talet för FDB Møbler. Hans möbler som är starkt representativa för hans utbildning som traditionell hantverkare uppskattas mycket. Dock finns det skeptiker som Mogensen lugnar med sina klassiska mönster. Från början av sin karriär införlivar han nya idéer i sina återbesök av traditionella former.

År 1945 designar han en soffa med läderband som gjorde att sidorna kunde tappas ner. En annan stol från 1949, som kritiker hävdade vara en modell för framtida stolar då han använde ett böjt, något sluttande ryggstöd som skuret ut längs ryggraden i en organisk daggdroppform. Han designade även "This is Where We Live", ett familjerum som han designade år 1953. Rummet ritas efter det nya konceptet med vardagsrum som ska innehålla en arbetsbänk och ett sybord, vilket uppmuntrar familjemedlemmarna att delta i flera aktiviteter samtidigt.

Mogensens möbler följer mönster av enkelhet och funktionalltiet. Det var viktigt för Børge Mogensen att skapa en naturlig förbindelse mellan möblerna och dess användare. Inspiration och idéer hittade Mogensen i enkla saker i hans omgivning, så som tändsticksaskar och servetter och hans slutprodukter kännetecknas alltid av enkla men starka linjer. År 1958 formgav Børge Mogensen bordet Shaker Table som kom att bli en förebild för många efterföljande designers. Förutom det världskända bordet formger Mogensen stolarna BM1 och BM2 och år 1972 tilldelas han titeln Honorary Royal Designer for Industry i London. Nordiska Galleriet erbjuder bland annat The Spanish Chair, spanska stolen och den ikoniska stolen J39.