Hos Jacobsen fick Panton assistera under tillverkningen av den nu ikoniska stolen Myran. År 1959 lanserade Panton sin första lampa i samarbete med Louis Poulsen, Topan Lamp. Armaturen Moon Lamp följde året därefter. Panton har även sysslat med hela interiörlösningar, ofta excentriska och färgglada.

Panton startade sin karriär som en avantgardeformgivare där geometriska former och starka färger hade en central roll. Panton uppmärksammades ofta för sin kontroversiella design och koncept. År 1958, i samband med Applied Art show, ställde Panton ut en möbelserie som hängde från taket, något som chockade både publik och kritiker. Med stolarna Cone Chair och Heart Chair, båda tillverkade i böjd metall, började Panton utveckla nya metoder kring hur stolarnas struktur kunde se ut.

Panton klädde sig alltid i blått; blått utstrålar avslappnad sensibilitet, lugn, tillfredställelse och tilltro; blått symboliserar vänskap och kärlek. Verner Panton bröt alla konventionella regler i dansk möbeltradition och gick sin egen väg. Han är känd för sin förkärlek till plast och har tillverkat flera möbler enbart i plast, däribland den välkända Panton Chair. Stolen formgavs för att ge ett mjukt stöd och tillverkades till en början av Fritz Hansen men började senare massproduceras av Herman Miller. Stolen anses vara en av designvärldens mest välkända klassiker och tillverkas idag av Vitra.